Guadalinex nace como una distribución de software destinada a dar cumplimiento al Decreto 72/2003, en el que la Junta de Andalucía opta por el Software Libre como instrumento para el impulso de la Sociedad del Conocimiento en Andalucía.
El 11 de Marzo del 2003 la Junta de Extrema y la Junta de Andalucía firman un "Protocolo General de Cooperación en materia de Software libre y de LinEx en particular".
La colaboración se define como algo tan estrecho como compartir una misma base de software y que LinEx y Guadalinex provean sus funcionalidades con las mismas aplicaciones mantenidas en un mismo repositorio y por un único equipo de control de calidad; de otra manera, LinEx y Guadalinex sólo se diferenciarán en los programas y contenidos que sean de interés sólo en una de las dos comunidades y en los elementos gráficos distintivos de la identidad de cada una.
La descripción de la Infraestructura común se hace en documento aparte; se recomienda su lectura.
Los desarrollos realizados y encargados por ambas comunidades contribuyen al crecimiento de este proyecto común y al de los proyectos que le sirven de base (Debian, Ubuntu, Gnome, Metadistros, etc.). La propia naturaleza del Software Libre hace que cualquier administración, entidad, empresa o persona puedan beneficiarse de y contribuir a esta iniciativa común en cualquier proporción y medida.
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